Es ist zwar nicht genau das was du gesucht hast, aber wenn du in MySQL beim erzugen einer Tabelle die Schlüsselwörter IF NOT EXISTS hinzufügst sollte ein erneutes Anlegen der Tabellenstruktur vermieden werden.
Ich kann das jetzt nicht testen, aber mysql_query müsste dann false zurückgeben, wodurch du ein weiteres Ausführen der Datei verhindern kannst^^
(Ohnehin sind FehlerHandler was sehr sinnvolles).