Als ich mir die Spielereien mit Textdateien auch mal angetan hab', wurde bei mir immer die komplette Datei neu geschrieben.
Dazu müsstest du jede Zeile mit implode wieder zusammensetzen und nach jeder Zeile ein "\n" (Linux) bzw. "\r\n" (Windows) anhängen, was aber ziemlich aufwändig ist.
Ob es eine andere Möglichkeit gibt, wenn man mit Dateien arbeitet, weiß ich nicht, daher würde ich dir raten, das Ganze mit einer MySQL-Datenbank zu machen, anstatt mit einer einfachen Datei. Schon allein aus Gründen der Performance.