Mir gefiel beides...sowohl die Yotsuba-Episode, als auch das, was nach L's Tod kommt.
Allerdings hätte man manche Sachen im Manga verkürzen können...Sayu's Entführung fand ich im Manga z.B. um einiges weniger spannend, als im Anime, leicht langatmig).
Near mag ich eigentlich nicht besonders, er sieht zwar knuffig aus, weiß aber ordentlich zu nerven, ist nicht gerade der sympathische Geselle schlechthin verglichen mit L.
Spätestens, ab da, wo Mikami und Takada im Manga auftauchen, finde ich den "zweiten" Teil des Mangas aber genauso gut, wie den "ersten".