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Wo kommt dieses Geostigma her?
Und wieso haben es nur Kinder und Cloud?
Woher kommen Kalaze und seine Gang? Sind das auch ehemalige Soilder?
Wieso wird der eine Hampel dann zu Sephiroth?
Wozu brauchen Kalaze und seine Gang überhaupt die Kinder und wozu holen sie sie in die Vergessene Stadt und wieso bringen sie die Kinder dann wieder nach Midgar?
Wozu trägt Rufus die Jenova Zellen mit sich rum und schmeisst sie dann vor Kalaze das Gebäude runter?
Wieso kommt in der Kirche plötzlich Wasser aus dem Blumenbeet und heilt Cloud?
Hat Cloud auch Jenova Zellen verabreicht bekommen?
Geostigma ist eine Über-Reaktion des Immunsystems auf den von Jenova Zellen
verpesteten Lebensstrom. Die Kinder und CLoud sind die einzigen die wir nur mit Geostigma im FIlm sehen, was nicht bedeutet, dass es nicht noch andere gibt, die verseucht sind. Kadaj, Loz und Yazoo scheinen abkömlinge Sephiroths zu sein. Woher genau sie kommen, bzw. wie sie entstanden sind wird im FIlm nicht gesagt, doch kann man annehmen, dass sie die Überreste von Sephroth sind. Deshalb wird Kadaj auch zu Sephiroth als er sich Jenovas Überreste einverleibt.
UM diese überhaupt zu finden brauchten sie wahrscheinlich die mit Geostigma infizierten Kinder. Sie lockten sie zur Verlorenen Stadt und machten sich diese untertan (das schwarze wasser falls du dich erinnerst). Die Kinder sollten dann die übrig gebliebenen Jenova Zellen finden, mit denen sich dann die Kinder, Kadaj, Loz und Yazoo zu Jenova wiedervereinigen wollen.
Rufus und seine Turks hatten wahrscheinlich die Zellen gefunden, wussten aber nicht wie sie zu Vernichten waren.

Das Wasser in der Kirche kann man nicht logisch erklären. Ist wahrscheinlich die Ursache weshalb das überhaupt Blumen wachsen. Man könnte es so deuten, dass das Wasser mit reinem Lebenstrom angereichert ist, wodurch sich das Immun System stärken und Geostigma besiegen kann.

Soweit ich mich erinnere wurde schon im Spiel gesagt, dass CLoud Jenova Zellen in sich trägt. Deshalb konnte hatte Sephiroth Zugang zu Clouds Unterbewusstsein.