Morrowind hat seine Savegames, PI-Einstellungen usw. immer im Installationsverzeichnis abgelegt. Zwei Install-Verzeichnisse = zwei getrennte Einstellungen.

Oblivion dagegen wirft das alles nach Eigene Dateien\My Games, egal wo oder wie oft es installiert ist. Zwei Installationen benutzen also denselben Ordner zum Speichern, deswegen gibt es Überschneidungen. Hier müßtest du unter Windows einen neuen Benutzer anlegen, dich mit diesem einloggen und Oblivion dort starten. Da jeder Nutzer unter Win einen getrennten "Eigene Dateien"-Ordner erhält, wären dann auch Savegames und PI-Einstellungen separiert.