Die roten Zahlen bedeuten, wie du richtig vermutet hast, dass der entsprechende Skill gesenkt wurde, was durch Zauber, Verzauberung oder Trank wiederhergestellt werden muss. Der Schrein, zumindest die Almisivi wiederherstellung hilft da glaube ich nicht, sie stellt nur die Attribute wieder her. Du musst also entweder eine Spruchrolle, einen anderen magischen Gegenstand oder einen Zauber finden, der entweder, bei magischen Sachen, die entsprechenden Sachen wiederherstellt, oder, beim Zauber, eine beliebige Fertigkeit, damit kannst du dir dann einen eigenen Heilspruch machen. Wo man soetwas findet weiß ich leider noch nicht, ich bin aber gerade im Construction Set am suchen.

Edit: Im normalen Morrowind gibt es keine Heiltränke dafür und Zutaten auch keine. Zauber wahrscheinlich auch nicht.
Edit 2: Also ich finde garnichts, was da helfen könnte, auch nicht bei Bloodmoon und Tribunal, vielleicht ein anderer. Aber wenn nicht wäre es kein Problem ein lugIn zu basteln, das entweder einen Zauber für das wiederherstellen von einem oder allen Atributen einem Händler gibt, oder direkt dem Player.