Enchanted Editor ist auch meine 1. Wahl dabei, aber bei manchen größeren Sachen nehme ich das TES CS (eine der paar Sachen, die bei CS mal fehlerfrei funktionieren) :
Die zu mergenden Dateien ankreuzen, Warnung über "keine aktive Datei gewählt" wegklicken, dann nach dem Laden oben unter "File" das "combine loaded files" (o.ä.) anklicken und für die neue merge Datei einen Namen wählen. Bei gleichen Inhalten wird auch hier das genommen, was weiter unten in der Ladeliste liegt.