So installieren, wie es vorgesehen ist. Sonst werden die Dateien halt nicht gefunden.

Das ist bei Morrowind und Oblivion gleich, für beide Spiele gibt es Mods, welche eigene Unterordner benutzen und für beide Spiele gibt es Mods, die keine Unterordner benutzen, sondern den Hauptordner. War nur Zufall, wenn du bei Morrowind Plugins hattest, die alle eigene Unterordner erstellt hatten. In meinem Morrowind Textures-Ordner sind so viele Texturen, dass der ewig zum öffnen braucht und viele Unterordner gibt's auch noch.

Wenn du was deinstallieren willst, musst du halt schauen, welche Dateien das sind. Ich hebe mir die Originalarchive für solche Zwecke immer auf, wobei es bei Morrowind schon vorkam, dass ich Plugins deinstalliert habe, die Dateien gemeinsam mit anderen Plugins benutzt haben, welche daraufhin natürlich Fehler hatten und ich erstmal suchen durfte *erinner* ^^

Alternative wäre, die Plugins so zu ändern, dass sie andere Pfade benutzen, was ich mir aber als recht anstrengend vorstelle. Vielleicht ist eine weitere Alternative die Konvertierung zu Omods für den Oblivion Mod Manager, aber damit habe ich mich bisher noch nie wirklich beschäftigt (vielleicht steht in der Mod-FAQ mehr dazu).