Ausleeren geht nicht, höchstens benutzen zum Verzaubern oder zur Aufladung von magischen Waffen. Dabei gehen die Seelensteine allerdings kaputt. Der einzige wiederverwendbare ist Azuras Stern.

Der Konsolenbefehl sollte dir einen großen Seelenstein ins Inventar einfügen:

player->additem Misc_SoulGem_Grand 1