Vermute mal, daß dein Projekt mitltlerweile ganz einfach zu groß geworden ist, um mit dem CS als Einzel-PI effizient zu handeln.

Lösung: (brute Force) mehr RAM, das CS scheint mir nicht sonderlich gut in der Ressourcen-Verwaltung zu sein, das fällt bei Speicherknappheit extrem auf.
Wenn das Problem von einem Tag auf den anderen aufgetreten ist, deutet es darauf hin.

Lösung: (zeitaufwendig)
Modularisier Dein Projekt in kleinere Teilprojekte, die logisch von einander abgegrenzt sind (frag andere Modder, die Erfahrung mit 'Großprojekten' haben was im Kontext 'CS' logisch ist, und wie sie solche Probleme handeln).

Eventuell hast Du Glück, und jemand aus der Modder-Community kennt das Problem und einen Workaround.