Also nochmal: Du hast das Problem ja bereits genannt. Bei deinem Plugin wird der Oberkörper NICHT ersetzt, sondern der Schwanz. Das heißt, du hast die Rüstung UND den Oberkörper am gleichen Ort des Körpers, weshalb es zu Überschneidungen kommt.

Lösung: du musst den Oberkörper wegkriegen. Er muss unsichtbar werden, wie bei einer normalen Rüstung eben auch. Wenn du jetzt ein Hemd machst, das einfach kein entsprechendes Model hat, so wird dieses Hemd, wenn man es anzieht, den Oberkörper löschen.
Dadurch fallen die Überschneidungen mit dem Oberkörper weg, weil er nicht mehr zu sehen ist.

(Wenn du Combat Enhanced für Morrowind hast, kannst du dir das da zum Beispiel ansehen, da gibts zum Beispiel einen Helm namens "dismembered head". Dieser Helm löscht einfach den gesamten Kopf, so dass man einen kopflosen Mann sieht.)

Nachteil: Man kann dadurch auch keine Hemden mehr unter die Rüstung anziehen, weil man, der Optik wegen, ein unsichtbares Hemd bereits anhat.
Dies ließe sich dadurch lösen, dass man von allen Hemden (zumindest von allen verzauberten) eine unsichtbare Version anfertigt, die per Skript dem Inventar hinzugefügt werden, wenn man ein solches Hemd findet. Dadurch hätte man 2 Versionen des Hemdes: Eine mit Model und eine ohne.
Blöd ist nur, dass diese Lösung eine meiner Meinung nach sehr schlampige Lösung ist, vor allem bedeutet sie einen Haufen Arbeit.