Ich GLAUBE, das hat damit zu tun,dass beide PIs auf die gleichen Preferenzen (die Rassen-Definitionen) zugreifen. Das führt dazu, dass jeweils das PI, welches später geladen wird, das vorherige überschreibt.

Möglicherweise funktioniert es, wenn man erst nur natural faces aktiviert, dann abspeichert und, bevor man das nächste Mal das Spiel startet,das Balance, PI aktiviert, so dass es nach dem anderen geladen wird.
(wobei das Balance PI spätestens VOR der endgültigen Rassen Auswahl beim Abasserkanal aktiv sein sollte, damit es mit den Boni klappt).