Obs daran liegt weiß ich nicht, Tatsache ist aber dass man eine kleine Änderung an den Meshes vornehmen muss, damit Transparenz angenommen wird. Lest euch dazu am besten mal den Abschnitt 'Transparency Time' in diesem Tutorial durch. Die textur muss übrigens als DXT1 gespeichert werden. War bei mir jedenfalls das einzige Format mit dem's geklappt hat.
Ich benutze übrigens Gimp mit DDS-Pluggy.
Ach ja, die Stellen, die im Spiel später transparent sind, werden von Nifskope gerne schwarz dargestellt.