Was willst du denn mit dem Civ4 Exporter? Wenn du die .obj hast musst du .obj importieren, und es auch als solches später wieder exportieren(so mache ich es jedenfalls).
Zu den Texturen, in der rechten Leiste in Milkshake(Angewohnheit und Faulheit ) gibt es den Reiter 'Materials'. Da kannst du einem ausgewählten Objekt die passende Textur zuweisen. Wenn du das Model dann wieder als .obj exportierst musst du dann die Texturen mit Nifskope allerdings nochmal neu verteilen, macht aber eigentlich nix.

Kennst du denn eigentlich einen zumindest halbwegs funktionierenden Nif-Exporter für Milkshake? Würde mich mal interessieren, ich hab nämlich keinen gefunden(bzw ich wusste auch nicht genau wo).