Ich bekomm auch des öfteren solche Fehlermeldungen von Gimp, die braucht man aber soweit ich weiß nicht groß zu beachten.
Ich habe jedenfalls einfach eine DDS-Textur geöffnet, bin mit dem Radierer drüber und habs per DXT3 abgespeichert, und es hat funktioniert.
Wie das dann in NifSkope aussieht, ka, kann sein dass das Prog trotzdem noch die 'volle' Textur anzeigt. Aber im Spiel sollte das jedenfalls nicht passieren.

e/lad' dir vll mal ne neue Version vom Gimp runter, falls du noch eine ältere hast funktioniert das ganze eh nicht so gut.