Es macht sicherlich für die meisten Spieler keine Probleme, wenn du die Klassen veränderst. Viele benutzen diese ja nichtmal.

Was ich als Problem sehe ist die Tatsache, dass alle NPCs diese Klassen benutzen. Soll heißen, wenn du den Rittern den stumpfe Waffen Skill wegnimmst, können einige der NPCs plötzlich nichtmehr mit ihrem Hammer kämpfen.
Ich weiß auch nicht, ob das Leveling ein Problem werden könnte. Wenn ein Bandit nur noch einen Waffenskill hat, wird er in diesem dann nicht schneller steigen pro Level, ergo noch gefährlicher werden?

Ich weiß nicht, ob das so möglich oder nötig ist, aber du könntest dir vielleicht einen großen Aufwand ersparen, wenn du nicht die gegebenen Klassen änderst, sondern diese allesamt für den Spieler als unspielbar einstellst, so dass sie nicht im Klassen-Auswahlmenü erscheinen. Dann Klassen mit denselben Namen erstellen und die gewünschten Änderungen vornehmen.
Das könnte wiederum unter Umständen Probleme mit anderen Plugins heraufbeschwören.

Mal ganz davon abgesehen: Du scheinst alles so auf Oblivion Vanilla zurechtzuschneiden. Da ich aber absolut nichts von dem Mitleveln der Gegner etc. halte, fürchte ich, dass mir diese Art des Balancing später gar nicht mehr weiterhelfen wird, weil es ein Spiel, das ganz anders gebalanced ist als das Originalspiel, eher aus der Balance bringt.
Weiß natürlich auch hier nicht, wie das ist. Da du aber mal meintest, dass du sogar selbst noch so ein OOO-mäßiges Plugin erstellen wirst, müsstest du vielleicht mehrere Versionen deines Balancing-Plugins erstellen.

edit: Also theoretisch fänd ichs schon toll, wenn ich einfach eine Klasse auswählen könnte, die rollenspielerisch sowie von den Skills her gut gemacht ist. Ich komme mir einfach mehr wie ein Barde vor, wenn ich auch die Klasse "Barde" wähle, als wenn ich sie mir selber zusammenstelle. Ich glaube allerdings an die angesprochenen Probleme. Ich glaube wirklich, dass dein nächstes Plugin dann sehr umfassend das Level-Scaling etc. verändern müsste.