Das wird dir kaum einer durch die warnings allein sagen können.

Hiermit habe ich alle meine ref missing in master files wegbekommen, aber das hat etwa 8h Suchen, Reparieren, Mergen von Mods (die an der gleichen ref schrauben) und Testen gekostet:
http://home.arcor.de/nefar/BadRefDebuggingGuide.html

Jedes Objekt hat eine Objekt-ID (Nummer). Wenn Mod 1 ein Objekt mit einer Nr. 345789 verschiebt oder entfernt und Mod 2 danach etwas mit der gleichen Objektnr. anstellen will, dann findet Mod 2 es nicht mehr und gibt es als Warnung raus. Du bekommst die Plugins und die sich überschneidenden Referenznummern über Wrye Mash cleaning heraus (aber auch nur, wenn du schon mal in der Konflikt-Zelle warst), danach geht der Zirkus aber erst richtig los: Wenn du Glück hast, reicht ein einfaches mergen beider (manchmal auch mehrerer Mods), manchmal musst du über weitere tools über die Objekt-ID das modifizierte Objekt finden und aus einem der Mods entfernen...