Hm. Also das Flimmern kommt genau davon, dass 2 Teile übereinander liegen, wie du schon richtig sagst.

Mir klingt das ganz nach diesem Phänomen, was wir bei MW immer "Doubling-Effekt" genannt haben - die Referenz auf das eigentlich gelöschte Teil steckte noch in der esp mit drin und das Teil wurde daher - obwohl gelöscht - ingame noch mit angezeigt. Man konnte das damals per Konsole, Anklicken des Teils und Eingabe von "disable" entfernen.
Leider weiß ich nicht, ob das jetzt auch noch so funktioniert - ausprobieren wär ne Möglichkeit

Das Problem ist eben einfach - solang wir in die esp's nicht richtig reingucken können - sie respektive auch nicht cleanen und solche Falsch-Referenzen entfernen können... tja.