Ablegen kann man Gegenstände mit Schift und Linksklick (Use); steht übrigens auch im Handbuch

Zu dem Problem mit dem Aufheben:
Hast du die Steuerung umgestellt?
Normalerweise hebt man doch Gegenstände vom Boden mit Activate (Standart auf Leertaste) auf, während auf Linksklick use ist. Mit dieser Activate-Taste, mit der man auch Behälter öffnet, schließt man nämlich tatsächlich nur einen schon offenen Behälter wieder, Gegenstände aufnehmen kann man da dann wiederum mit Use.