Es gibt keine Lösung. Muss es auch nicht, denn anstatt die Ordner zu überschreiben wird der Inhalt ausschließlich durch das neu Hinzukommende ergänzt. Nur innerhalb der Ordner wird überschrieben. Hast du zum Beispiel ein PlugIn drauf, das das Icon xyz.dds im Icons-Ordner deponiert hat, und du willst eines installieren, das ebenfalls das Icon xyz.dds mitgbringt, dann wird überschrieben. Aber nicht der ganze Ordner.