Ähm. Ich blicke bei deinem Problem noch nicht ganz durch, welche Dateien jetzt warum wo herumlungern. Vermutung meinerseits: Die neue Installation ist nur für den aktuell angemeldeten Benutzer, d.h. Savegames und Morrowind.ini liegen unter Eigene Dateien\Morrowind\ . Dadurch, daß du eine Direktverknüpfung zur Launcher.exe erzeugt hast, hast du quasi eine zweite MW-installation erzeugt. Nämlich eine, die systemweit gilt und ihre Saves usw. direkt im MW-Verzeichnis unter \Saves\ ablegt.

Ich würde dir empfehlen, erstmal rauszufinden, ob diese Doppelbelegung existiert (Savegames sowohl unter eigene Dateien als auch im MW-Ordner). Dann entscheide dich für eine Location. Lösche eine der Verknüpfungen zum Launcher und sieh zu, daß du alles bei der anderen zum Laufen kriegst. VL mußt du bei der lokalen Installation (Eigene Dateien\Morrowind\ ) auch PI's usw. dort einfügen anstelle des eigentlichen Installationsverzeichnisses.