Das Verschwinden von Objekten (wozu auch NPCs gehören) wird oft durch Plugin(referenz)konflikte ausgelöst. Ich hatte z.B. mal einen verschwundenen wichtigen NPC-Bootsführer in Sadrith Mora, der für den Anfang einer Mod wichtig war, nie gesehen den Mann, nur ab und zu sah ich beim Laden eines saves ein paar missing object in reference... Fehler. Das Problem war, das irgendein anderes Mod haargenau die gleiche ObjectID des Bootsführers für das entfernen einer Pflanze oder eines Felsen benutzte und somit auch gleich den NPC mit ins Nirwana nahm. Lösung war: Eine der neueren Wrye Mash Funktionen erlaubt, von Plugins alle Referenzen neu durchzunummerieren (danach ist ein weiterer bzw. neuer Konflikt zwar nicht unmöglich, aber der alte ist so gut wie ausgeschlossen). Das habe ich mit allen Problem-Plugins auch gemacht, andere musste ich mergen, damit die Konflikte verschwanden. Diese Aktion ist aber auch nur vor einem Neustart zu empfehlen, ein savegame wäre sonst vermutlich völlig verwirrt.
Für deplazierte Objekte, wie den oben geschilderten NPC hätte ich auch eine mögliche Erklärung. Der NPC hat wahrscheinlich auch eine ObjectID, die ein anderes PlugIn in Molag Mar benutzt und damit ganz einfach das Objekt (NPC) ganz woanders auftauchen lässt. Das kann man alles beheben, aber dazu könnte ich wieder 3-4 Seiten voll schreiben. Mit der Wrye Mash Funktion repair all findet man diese Art der Konflikte nur (aber auch nur wenn man die entsprechenden Zellen besucht hat), die eigentliche Reparatur kann Wrye Mash aber nicht leisten, das würde an Zauberei grenzen und wäre womöglich auch wieder mit neuen Problemen behaftet. Faustregel: Je mehr Plugins man benutzt, desto wahrscheinlicher werden diese Referenz-ID-Konflikte.

http://home.arcor.de/nefar/BadRefDebuggingGuide.html

Jetzt muss ich ein UFO suchen gehen...