Dirty saves sind kaum berechenbar. Bei dem einen sind es doppelte Türen, bei dem anderen verschwundene oder falsch öffnende Türen, vervielfältigte Objekte, NPCs, Kreaturen usw.
Das einzige tool zum sauberen updaten und reparieren solcher Probleme ist Wrye Mash (weiter oben verlinkt). Oder wenn das zu kompliziert ist, ganz einfach während eines laufenden Spiels nichts am setup ändern, weder Ladereihenfolgen noch Plugins zu- oder wegnehmen.