Die Ursache dafür wurde von einem Programmierer gefunden, aber dafür müsste sich einer für 2-3 Wochen mit Deinem Rechner und 4-5 nötigen tools einschließen:
http://www.elderscrolls.com/forums/i...&f=12&t=189973
[link zur Anleitung ist mitten im ersten posting]

Ich habe die Prozedur mal teilweise an meinen 280 aktiven Mods durchgeführt und ein paar sich überschneidende Referenzen repariert, aber 100% zu reparieren ist ein Ding der Unmöglichkeit.

Kurzfassung: Einige Mods verwenden gleiche Objekt-Indices für völlig verschiedene Objekte, d.h. in einem Mod könnte es ein Stein sein und im nächsten ist es ein NPC und schon verschwindet der NPC manchmal, weil die engine die überschnittenen Objekt-Indices rematched. Was wohl auch häufig mal passiert ist, ein Mod verschiebt oder löscht einen Stein aus einer esm-Zelle, das nächste PI versucht etwas ähnliches, findet das Ding nicht mehr und wirft einen Referenz-Missing Fehler hoch.