Ich sage mal nicht, es gäbe keine anderen (sauberen) Möglichkeiten, aber ich mache es immer so:
1) Sollte in Wrye Mash "Lock Times" angehakt sein (vorher, also ist jetzt zu spät) und auch weiterhin angehakt bleiben:
-Mods Seite öffnen, den Spaltenheader „File“ rechtsklicken und Lock Times aktivieren (Häkchen).
Damit werden geänderte Plugins, solange sie den Namen beibehalten, immer wieder (wenn Wrye M. aktiv ist) auf das ursprüngliche Datum zurückgesetzt (zu der Zeit wo man Lock Times aktiviert hat). Updates von creatures ändern ja nie den Namen, also würde es an die alte Stelle wandern.

2) Ich deaktiviere erst das alte creatures, synchronisiere und repariere (repair all) das save, um damit alte Instanzen zu entfernen. Diesen Vorgang müsste man bei andersartigen Plugins vorsichtiger (oder gar nicht) angehen: Habe ich items von dem zu entfernenden Plugin im Inventar, habe ich items, die ich nicht verlieren darf, etc.

3) Dann entpacke ich creatures 6.1 überschreibend ins Data Files. Wrye M. ist noch aktiv und meldet mir im gleichen Moment: Some locked times have been updated (oder so ähnlich). Damit sitzt jetzt das neue creatures.esp am Platz des vorigen.

4) creatures.esp aktivieren.

5) Mash list.esp rechtsklicken und Import levelled lists ausführen.

6) Save wieder synchronisieren, repair all ist jetzt nicht nötig, mache ich meistens aber zur Sicherheit.

Trotz dieses Vorgangs hatte ich im Beta-Test festgestellt, dass einige alte Wespenschwärme weiterhin noch 10 und mehr Wespen hatten. Wenn die aber entfernt werden (lightning storm etc.), dann respawnen sie später korrekt, d.h. nie über 5-6 Wespen und auch nie nachts - hoffentlich. Aber ich habe einiges an Tests gemacht: Lightning storms rein, paar Tage warten, nachsehen, wiederholen, ... es dürfte jetzt behoben sein.