Warum du im Gefängnis warst wird afaik auch gar nicht aufgeklärt, ähnlich wie in Gothic 1. Du warst halt im Gefängnis, basta ^^

Was du machen sollst, bekommst du gleich bei deiner Entlassung gesagt: Nimm dieses Päckchen und bring es zu Caius Cosades in Balmora. Das wäre der Beginn vom Hauptquest, der sich dann immer weiterentwickelt. Ob du es machen willst oder nicht, bleibt dir allein überlassen. Du musst den Hauptquest ja nicht spielen, du kannst auch einfach die Welt erforschen, dich einer der o. g. Gilden anschließen oder sonst was machen. Du bist total frei...