Kann sein, dass es einfach ein logischer Fehler ist *kratz*
Bei Neo und Trinity ists ja gleich wieder ganz anders. Die Agenten überwachen ja nicht alles, sie nehmen ja auch nur das wahr, was sie selber sehen, über andere. Als Trinity Neo holt, ist keiner dabei, der an der Matrix hängt, bis auf Neo selbst....so halt. Jetzt weiss ich, was du meinst.
Warum sie sich nicht in Neo gehackt haben...tja, gute Frage ^^ Wird entweder offen bleiben oder in Revolutions beantwortet ^^

Punkto Animatrix <---> FF: The Spirits within: Ja, das sind alles die gleichen, recycleten Figuren aus Final Fantasy, der Captain, das Mädel am Gewehr usw. Sie wurden alle wiederverwendet.
Aber is eigentlich scheissegal ^^