Zu den Squiddies:
Man weiß nicht wirklich, was sie abgeschalten hat, das mit dem EMP ist nur Spekulatius, IMO. Man sieht zwar, wie die Squiddies mit Geblitzdings zusammenbrechen, aber das Neo das war (oder ein EMP) muss es noch lange nicht heißen.
Gut, er hat die Hand erhoben und gedacht "Buh, kippt aus den Tentakeln!", aber wer in der Matrix so abgeht hat im RL wahrscheinlich auch 'nen Schaden

War Niobes Schiff zu dem Zeitpunkt schon da oder kam das erst nach der Squiddy-Abschalt Aktion an? Weiß ich nicht mehr so genau, denn wenn sie schon da war, hätte sie es ja sein können...
Hm, mir scheint ich will nicht wahrhaben, dass es sich um eine Matrix in der Matrix handelt
Aber was für meinen vorherigen Ansatz spricht (sie denken nur sie wären draußen) ist, dass Neo auf einmal meint "Irgendwas ist anders. Ich kann sie spüren."
Oder seine Entscheidung die Matrix herunterzufahren hat ihm irgendwie die neue Möglichkeit offenbart, dass er nun in der "Übermatrix" (also nicht die Matrix die wir als Matrix kennen, sondern die eventuelle Matrix die wir als RL kennen) auch solche tollen Auserwählten Fähigkeiten hat...
Uah, ich seh schon, der Film macht meine Birne ganz mürbe...
Ich muss erstmal weg, komm vielleicht heut Abend wieder
Aber noch kurz 'nen anderen interressanten Gedankenstoß, der für das Prinzip Matrix in der Matrix spricht:
Smith sagt im ersten Teil, dass die erste Matrix perfekt war, sie aber nicht von den Menschen akzeptiert wurde.
Das bedeutet (wie der Architekt auch sagt), dass die jetzige Matrix nicht "perfekt" ist und nicht "perfekt" bedeutet, dass z.B. ein Widerstand dazugehört, das könnte auch das eine Prozent der Menschen sein, die die (perfekte)Matrix nicht akzeptieren und in der Illusion leben, dass sie nicht in einer Illusion leben.