TESTool nimmt sich grundsätzlich nur die 72 bad GMSTs vor. Und selbst da unterscheided es noch zwischen gewollt (ungleich default) und ungewollt (default values). Z.B. habe ich mal Giants testweise gecleant, und es hat die 2 GMSTs für die summon giant irgendwas creature spells unangetastet gelassen, obwohl sie zu den 72 gehören (aber eben wohl nicht auf default stehen). Vampire Embrace dagegen hat z.B. ein GMST auf default value (Cortex sagte dazu, es wäre zur Sicherheit, falls ein vorhergehendes dirty mod dieses setting verbogen haben sollte, stellt er es damit zurück), dieses wird beim cleanen mit TESTool gelöscht (weil default eben).

Zum Cleaning, neben den ungewollten GMSTs macht TESTool ja noch einiges mehr...
Es wird den reinlichen Mod-Usern empfohlen, die Optionen von TESTool auf restricted cell cleaning zu stellen. Und einige wenige Mods sollten auf keinen Fall mit TESTool gecleant werden, dazu gibt es eine Liste auf elderscrolls.