Ein aus meiner Sicht wichtiger Schritt am Ende sollte immer das cleanen seines Mods sein. Am einfachsten (automatisch) geht das mit TES Plugin Tool.
http://www34.brinkster.com/ghostwheel/TESTool.htm

Danach sollten überflüssige Einträge (dirty entries) und böse GameSettings (GMSTs) weg sein und evtl. damit auch die Warnungen, die so weit ich es aus user-Sicht sehe, überwiegend von den dirty entries stammen (die man mit TESCS beinahe zwangsläufig produziert).