Die Meldungen nennen dir ja, was nicht in Ordnung ist. Manches ist nicht dramatisch (eine Meldung zu Beginn kann man z. B. ganz ignorieren), anderes wiederum lässt sich meistens beheben. Man kann Plugins ja auch jederzeit wieder runterschmeißen, wenn etwas nicht funktionieren sollte. Und bei sonstigen Fragen gibt's ja dieses Forum hier. Dass ein Plugin ein ganzes Spiel oder Savegames zerschießt, kommt wirklich nur relativ selten vor (kann aber schon passieren). Aber dafür kann man sich in regelmäßigen Abständen - vor dem Ausprobieren eines Plugins - auch Sicherheitssaves anlegen.

Von daher würde ich es an deiner Stelle auf jeden Fall probieren, ohne Plugins würde ich selbst nicht mehr spielen wollen. Wenn du noch gar keine Plugins benutzt, dann lad dir auf jeden Fall mal Changing Faces und Better Bodies runter, das verbessert die NPC-Optik ungemein und ändern sonst nichts am Spiel. Downloadlinks gibt's hier.

PS: Bei einem reinen Hausmod kann ich mir so spontan überhaupt keine schwerwiegenden Fehler vorstellen.