Genau aus diesem Grund hat sich der TESTool Object merger entwickelt. NPCs werden wie alle anderen Objekte behandelt und verschiedene Änderungen am gleichen Objekt müssen im merged objects.esp zusammengefasst werden, das macht TESTool schon ganz ordentlich (bis auf die Tatsache, daß der Zwischenspeicher insuffizient ist, d.h. bei einer großen Menge an zusammenzufassenden Objekten, wie bei z.B. 250 plugins auf einmal schmiert das tool einfach ab).
Nebenbei, wenn du mit dem Objectmerger arbeitest und PirateLords CTF benutzt:
Immer CTF deaktivieren bevor du den merger startest. Sonst werden nämlich ein paar der in CTF endlichen respawn items bei den Händlern wieder auf unendlich gesetzt (weil die gemergten Informationen: positiv [endlich], negativ [unendlich] irgendwie wieder unendlich ergeben).