Hatte ich mal in Sadrith Mora, die Schuld lag bei Plugins. Mal alle Plugins deaktivieren und das Spiel starten (Fehlermeldungen bestätigen, es werden natürlich einige kommen), dann in Balmora gucken wie es mit der Ladezeit aussieht. Spielstand nicht speichern, Spiel beenden, ein paar Plugins anstellen und nochmals ausprobieren. So kannst du den "Übeltäter" finden. Vielleicht reicht es auch erstmal, wenn du nur die "Balmora-Plugins" entfernst und ausprobierst.

Vermutung: Wie bei mir womöglich ein Doubling-Bug. Passierte bei mir mit Modman Windowlights, welches in der DV Lichter bei Nacht heißt (hast du das zufällig?). Solche Bugs treten u. a. auf bzw. können auftreten, wenn man sein PI-Setting ändert, d. h. es ist egal, wie lange du die schon drin hast. Bei mir kam es mit der Install von Wilderness 2 und ich hatte das "böse" PI schon von Anfang an drin.

Probier einfach mal aus und berichte dann wieder...
Bei Unklarheiten lieber nochmal fragen bzw. leg dir vorsichtshalber einen Sicherheitssave an, ich will ja nicht, dass du noch einen Char verlierst wegen Ausprobiererei oder so

PS: Wenn du in deiner Morrowind.ini unter [general] irgendwo AllowYesToAll=1 einfügst, bekommst du einen zusätzlichen Button bei Fehlermeldungen, wo du alle auf einmal wegklicken kannst. Ist besser als 10.000mal auf Ja zu klicken ^^