You might wanna try this:

http://www.endhome.com/reorderPlugins.zip

Man braucht dafür aber ein Java Runtime Environment.

Alternative: TesTool, damit können plugins vereinzelt ganz ans Ende der Ladekette gelegt werden (mit einem 2054er Datum).

Unerwünschte Dubletten könnte man notfalls (wenn es nicht zu viele sind) auch mit console: "ori" herausfinden, indem man die doppelten NPC/item bei offener Konsole anklickt, ori eintippt und dann die PI-Abhängigkeit angezeigt bekommt. Das unerwünschte Double hat meist keine oder ist unknown. Letztere disablen.