Ich glaube ehrlich gesagt überhaupt nicht, das die Stories wirklich miteinander verbunden sind. Die Ähnlichkeiten zwischen den Teilen (RYu, Nina, Bunyan, Windia, Tigermenschen usw) sind wohl nur dazu da, der Serie einen gewissen Wiedererkennungswert zu geben. Die Bemerkung von Momo in Teil 4 ist wohl auch eher als kleiner Witz der Entwickler gedacht als als ernstzunehmendes Story-Element. Es ist wie mit Final Fantasy: Es gibt immer Chocobos, Moogles, Cid, Luftschiffe, dieselben Zauber...aber eigentlich haben die einzelnen Teile nichts miteinander zu tun.
Bei Animes und Mangas ist es auch manchmal so, das Fortsetzungen sich teilweise widersprechen. Ich glaube man sollte die ganze Breath of Fire Saga gar nicht so genau analysieren, da wachsen einem nur graue Haare!