VDM und Avisynth ist mehr oder weniger die einzig wirkungvolle Universalwaffe gegen fast alles. Da hat Whiz eindeutig recht!

Es gibt dann noch diesen Weg mit MKVToolNix:
Mit diesem Packet hat man mehrere Programme mit denen man Dateien ins Containerformat mkv bringen kann und eben auch demuxen kann (also das was du brauchst).
Unter diesen Programmen befindet sich mmg.exe (ausgeschrieben mkvmerge GUI). Damit gibst du unter Input deine mkv Datei an. Dann kannst du aussuchen welche Streams du ausgegeben haben willst. D.h. Untertitel, Audiospuren und schließlich auch den Videoinput.
Dann drückst du unten auf das Knöpfchen Start Muxing und du bekommst die Dateien ausgegeben ohne, dass du was an Codecs usw. umändern musst. Du bekommst sie so wie sie sind!
Ich weiß nicht mehr wie das mit der ausgegebenen Datei war. Ich denke er gibt sie dann auch als mkv aus, ABER wenn du sie normal in .avi umänderst geht das genau so. Wenn du das ganze dann in einer Videoeditingsoftware weiterbearbeiten willst, bin ich mir nicht sicher ob das dann noch klappt. Ich denke aber schon...