Kommt drauf an.
Die meisten besseren CMS verwenden statt PHP Code in den Templates Phrasen, die mit geschweiften Klammern meistens eingefasst werden.

Eigentlich ist ein individuelles Style durch ein geschickt gemachtes Template kein Problem, wenn du mal grottige CM Systeme wie phpKit außen vor lässt. Mambo und Joomla lassen sich zum Beispiel schön und einzigartig anpassen, wenn du diverse Scripts nicht brauchst, lässt du einfach die entsprechenden Phrasen weg.