In dem Dokument mit dem Textfeld hast du diese textarea:
HTML-Code: 
<textarea id="fubar">Dein Text</textarea>

Dann kannst du in dem Popup so einen beliebigen Text bei der texarea anhängen.
HTML-Code: 
<a href="Javascript:opener.document.getElementById('fubar').value += 'dein tolliger Smilie oder whatever';">Smily hinzufügen!!!1eins</a>