MPEG1 wird bei VCDs benutzt.
und MPEG2 bei SVCDs und DVDs
Also MPEG2 bietet eine bessere Qualität, als MPEG1. Allerdings ist MPEG2 auch größer.

es kommt drauf an, was du mit dem Video machen willst.
Willst du ne DVD daraus machen, musst du MPEG2 nehmen.
Willst du allerdings das Video über Internet verteilen, würde ich dir doch eher raten, MPEG4 (DivX, XviD) zu benutzen.