Also fassen wir zusammen,
Der "Eine", der die ersten aufgeweckt hat, ist gestorben und jetzt in Neo wiedergeborgen, das erklärt aber immer noch nicht, wie der "Eine" damals aus der Matrix kommen konnte, wobei man hier evtl. einen Fehler in der Matrix oder wie es perfectgarak erklärt hat, als Varianten sehen kann.

Zu 101:
Sicher das mit dem Binärcode stimmt, allerdings wäre im Film dann ein Fehler, wenn man die Matrix auf dem Bildschirm sieht, also codiert, dann sieht man Zeichen und Zahlen von 0-9, was dann nicht ganz richtig wäre.

Zum Orakel:
Da die Maschinen die Matrix nach belieben umprogrammieren könnten, wäre das kein großes Ding, das Orakel in anderer Form zu ersetzen, bzw. primär sind sie auf die Zerstörung Zions aus, dagegen arbeitet das Orakel, normalerweise wäre es sinnvoller sie auszuschalten.