ihr habt doch bereits die nötigen vermtungen hervorgehoben, ihr müsst doch nur kontextuieren.
morpheus sagt neo, "der eine" hätte angefangen, menschen zu wecken.
nun, warum sollte das denn ausschließen, dass es eine kolonie von menschen gab, die sich verstecken konnte?
diese allerdings konnten niemanden aus der matrix 'rausholen, da sie nicht diese anschlüsse hatten.
das muss sie doch aber dennoch nicht davon abgehalten haben, die matrix zu beobachten...das können sie sich ja auch selber angeeignet haben, dafür muss nicht unbedingt "der eine" zuständig gewesen sein.
und bei ihren beobachtungen haben sie halt gesehen, dass sich einer recht merkwürdig verhält, nämlich "der eine", der, wie andere bwereits sagten, u.u. einfach nur ein bug in der matrix war.
und da "der eine" wohl nicht in der selben art und weise zu killen ist (wie von neo veranschaulicht), ist es durchaus möglich, dass sie ihn lokalisiert und dann einfach rausgenommen haben.

später (oder sogar schon vorher) könnten einige menschen bereits draufgegangen sein, weil sie versuchten, "normale" 'rauszuholen, was natürlich mit deren tod endete.
durch "den einen" hatten sie jetzt aber jemanden in ihren reihen, der sowohl die matrix beliebig verändern, als auch kontakt mit anderen aufnehmen konnte...wodurch sie die technik, wie sie "normale" 'rausholen, entsprechend verbessern konnten.

ich habe das ganze prozedere der re-integration in die wirkliche welt im übrigen so verstanden, dass der matrix vorgegaukelt wird, die person sei tot und dementsprechend beginnt sie mit einem recyclingprozess..."der eine" hat das womöglich ohne pillen oder dergleichen realisieren können.