Visual C++ 2005 .NET ist nichts anderes als eine Entwicklungsumgebung, in der ein Compiler mitgeliefert wird, der den C++ Code nicht in nativen Maschinencode der jeweiligen Plattform compiliert sondern zu songenanntem "Managed Code" (AKA. MSIL (=Microsoft Intermediate Langugage)).

Dieser MSIL Code ist vergleichbar mit dem ByteCode von Java, also eine Art Zwischendings, dass von der Laufzeitumgebung (in diesem Fall dem .Net Framework, genauer gesagt der CLR (=Common Langugage Runtime) ausgeführt wird). Aufgrund dieser zwischenplattform ist es möglich auch weitere Programmiersprachen (VB, IronPhyton, Delphi, Boo oder auch C#) auf .NET zu portieren sofern du einen Compiler findest, der dir MSIL erstellt.

Wie du schon selber sagtest ist C# eine neue von Microsoft Entwickelte (jedoch bei der ECMA standardisierte Programmiersprache) die Laut Microsoft die beste unterstützung für .NET biete und dementsprechend auch eingesetzt werden sollte.

Bei der Softwareentwicklung unter Windows würde ich dir, in der Regel immer .NET ans Herz legen. Allein schon deswegen, weil das .NET Framework 3.0 die standard API von Longhorn sein wird. Aber auch bisher bietet das Framwork in der Version 2.0 genügen Features und genug Performance um 99% der Anforderungen zu genügen. Sollte es troztdem nicht ausreichen so kann man die entsprechenden stellen immer noch als "unsafe" markieren und mit C++ vergleichbaren methoden bearbeiten.

Das MS ihr .NET Framework auf andere Plattformen portiert bleibt unwarscheinlich jedoch macht Mono weitherhin fortschritte. Seit der neuesten Version werden sogar Applikationen, die das System.Windows.Forms namespace nutzen unterstütz (gut ich gebe zu da wird immer noch heftig dran gearbeitet aber es macht fortschritte). Das Mono Microsoft hinterher hängt möchte ich jedoch nicht abstreiten, trotzdem scheint es schon so weit stabil zu laufen, das selbst der Software-Updater unter Suse 10.1 standardmäßig Mono verwendet.