Ich würde mir einen extra Ordner für die Filter anlegen und sie dann (leider) im Script einzeln laden. Der Grund liegt darin, dass komischerweise einige Filter es nicht mögen, im Plugins Ordner von AVISynth zu liegen. Es kann dann passieren, dass AVISynth ohne großartigen Grund abstürzt.
AVS Scripte musst du eh in deinem Script einzeln laden.
Die Filter (also, die *.dll Dateien) lädst du mit LoadPlugin("pfad+Dateiname") und AVS Scripte mit Import("pfad+Dateiname")

Und ja, wenn du den 2 Pass - 1st Pass machen willst, muss das Video bzw. das script genau das selbe sein, wie beim 2 Pass - 2nd Pass.

Tipp: Falls das Script zu CPU lastig sein sollte und du beim Encoding 2 - 3 FPS haben solltest, encode es zuerst mit einem Lossless Codec (z.B. huffyuv) und dann encode das Video im huffyuv mit XviD. Es ist zwar ein Schritt mehr, aber dies könnte u.U. schneller gehen, weil du dann nur einmal das AVS Script encoden musst und nicht zweimal.