Probiers mal damit:
Code:
DELETE FROM `charts`
WHERE `votes` > 0
HAVING `id` NOT IN (
  SELECT `id` FROM `charts`
  WHERE `votes` > 0
  ORDER BY `pointspervote` DESC
  LIMIT 100
);
EDIT: Jetzt hab ich so lange dran rumeditiert, dass der Affe tatsächlich schneller war als ich XD