Du könntest auf die eher russische Methode zurückgreifen, und am Ende der Punkteschnitt-Abfrage zum Löschen noch
Code:
[...]
HAVING ID NOT IN (SELECT ID
     FROM Wertungen
     ORDER BY punkte DESC
     LIMIT 100);
anhängen, das würde quasi die ersten 100 nicht löschen. Glaub ich.

Keine Zeit, das noch zu überprüfen, muss weg. o_O