Genau das musst du aber, der Bootloader von Windows läd die Datei und sieht anhand derer welche Systeme installiert sind/sein sollten. Du musst eben den 2000er Eintrag entfernen. Wenn du auf Nummer sicher gehen willst poste doch mal den Inhalt der Boot.ini hier. Bei meinem XP Home Laptop z.B. sieht sie so aus: