Zu 1.
Ich hatte es so gemacht, weiß aber nicht ob das die beste Lösung ist.

In scene_map bei Zeile 171/172 musst du
Code: 
    # If processing transition
    if $game_temp.transition_processing
      # Clear transition processing flag
      $game_temp.transition_processing = false
      # Execute transition
      Graphics.transition(20)
    end
austauschen gegen
Code: 
    if $game_temp.transition_processing
      # Clear transition processing flag
      $game_temp.transition_processing = false
      # Execute transition
      if $data_system.battle_transition == ""
      Graphics.transition(20)
      else
      Graphics.transition(20, "Graphics/Transitions/" +
        $data_system.battle_transition)
      end
    end
Ist 'ne Weile her das ich's gemacht habe, hab's jetzt nur abkopiert, musst mal ausprobieren ob's so hinhaut.

zu 2.
Keine Ahnung ob das geht, könnte aber sehr viel Arbeit bedeuten. Wenn dus nicht oft brauchst solltest du vielleicht lieber Picturesequenzen, Charsets oder Autotiles nehmen, jenachdem wo du's brauchst.

zu 3.
Hab ich glaube ich auch schonmal gesucht, kann ich dir leider nicht helfen.