Benutzt du das Standart-KS?
Falls ja:
Mach einfach in dem Event, wo der Bosskampf gestartet wird, den Befehl
"Change System BGM" und da wählst du dann unter "Type of BGM" Battle aus und auf der rechten Seite die neue Musik.
Sieht dann z.B. so aus:
Code: 
<> Change System Music: (Battle) Bossmusik
<> Start Battle: Bossgegner1
<> Change System Music: (Battle) Normale Musik
Am Ende änderst du das dann einfach wieder auf die normale um.