Offensichtlich hast du die Doku nicht ordentlich gelesen.
Hier steht, dass man mit dem Flag -c Befehle ausführen kann. Du startest Dosbox einfach mit dosbox -c <Befehl zum Layout wechsel> -c <Befehl zum Starten der IDE> (oder so ähnlich), legst fest, dass GWBasic-Dateien mit diesem Befehl geöffnet werden und fertig.