Für was die LEDs gedacht und wie sie angeschlossen sind, kann sich komplett unterscheiden. Darauf würde ich also nichts geben.

Ansonsten könnte dein Problem evtl. auch noch an einem defekten Netzteil liegen. Zumindest hatte ich schon ein ähnliches Problem bei einem Kunden. Der Lüfter dreht sich kurz aber der Rechner startete nicht. Nach einigen Minuten oder mehrmaligen ein- und ausschalten ging es dann wieder. Monate keine Probleme und dann wieder. Netzteil getauscht und alles lief wieder einwandfrei. Du könntest also auch erst mal nur das Netzteil aus einem anderen Rechner probieren.

Wobei ich auch eher auf ein defektes Motherboard tippe.